Τρίτη περίοδος (1955-1974)
Την 1η Απριλίου του 1955 ξεκίνησε ο ένοπλος απελευθερωτικός αγώνας της ΕΟΚΑ έναντι των Άγγλων απικοιοκρατών του. Σε εκείνον τον απελευθερωτικό αγώνα συμμετείχαν μέλη, υποστηρικτές και αθλητές του Συλλόγου της Ανόρθωσης, όπως οι Αντώνης Παπαδόπουλος, Γρηγόρης Αυξεντίου, Κυριάκος Μάτσης, Παύλος Παυλάκης, Παναγιώτης Τουμάζος, Κώστας Χριστοδουλίδης, Ηλίας Παπακυριακού, Αντρέας Δημητρίου, Πετράκης Γιάλλουρος, Αλέκος Κωνσταντίνου, Γιώργος Μάτσης, Πανίκος Γιωρκάτζιης και άλλοι.
Το οίκημα του Συλλόγου , στα ακίνητα Χατζήμιχαηλ στην οδό Ερμού, ήταν το προπύργιο της ΕΟΚΑ στην πόλη και επαρχία Αμμοχώστου. Γίνεται χώρος συνάθροισης όπου οι νέοι κοινωνούν τα ιδανικά και το μεγαλείο του εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα.
Οι Άγγλοι όμως, δεν χρειάζεται να έχουν στοιχεία για να στρέψουν την προσοχή τους στην Ανόρθωση. Η παρουσία της είχε ήδη «ενοχλήσει» προ πολλού. Έτσι με το ξημέρωμα σχεδόν του αγώνα γίνεται στόχος τους. Το βράδυ της Παρασκευής 23 Δεκεμβρίου 1955 βρετανοί στρατιώτες εισβάλλουν στο οίκημα της και συλλαμβάνουν αρκετούς θαμώνες, με βάση κατάλογο που είχαν στα χέρια τους. Ανάμεσά τους ο Αντώνης Παπαδόπουλος και ο Παύλος Παυλάκης. Πιο τυχερός φαίνεται ο Ηλίας Παπακυριακού που ενώ ήταν καθοδόν προς το οίκημα την τελευταία στιγμή πληροφορείται την παρουσία των Άγγλων και διαφεύγει τη σύλληψη.
Λίγο αργότερα, στις 24 Ιουλίου 1956 ο Διοικητής Αμμοχώστου θα διατάξει για δεύτερη φορά το κλείσιμο της Ανόρθωσης. Η εννιάμηνη όμως σιωπή του Συλλόγου δεν σήμαινε τίποτε για τα μέλη της, που συνέχισαν την ενεργό συμμετοχή τους στον αγώνα. Οι συνεδρίες του Δ.Σ. γίνονται στην Εμπορική Λέσχη, στο Οδοντιατρείο του Αδάμ και στο γραφείο του Σαρρή. Στην πορεία για το ξέφωτο της λευτεριάς και της Ελλάδας η Ανόρθωση είναι μαζί. Και μπροστά – μπροστά…

Στις 8 Ιουλίου του 1958 , η Ανόρθωση παρασημοφορείται για την εθνική δράση της από τους ίδιους τους Άγγλους.Το οίκημα όπου στεγάζεται από το 1931 η Ανόρθωση, στη Στοά Χατζημιχαήλ, στην οδό Ερμού, ανατινάσσεται από τους Άγγλους. Όπως είχε δηλώσει στο Γενικό Γραμματέα της Ανόρθωσης Ιωάννη Κυριακίδη, ο βρετανός ανακριτής Λόνικαν, στην έρευνα που έγινε στο οίκημα, βρέθηκαν βόμβες και περίστροφα της ΕΟΚΑ.
Την ίδια μέρα (Τρίτη) λίγο νωρίτερα, είχαν φονευθεί στο κατάστημα Παραλιμνίτη απέναντι από την Ανόρθωση, ένας Άγγλος αξιωματικός και ο συνοδός του. Ήταν φανερό πως η ανατίναξη του οικήματος έγινε για αντίποινο. Αλλά και για να … τελειώνουν μια για πάντα οι Άγγλοι από την ενοχλητική παρουσία της Ανόρθωσης. Έτσι νόμιζαν…
«Πλανάσθε» είπε στον επικεφαλής αξιωματικό της ομάδας που διενήργησε την έκρηξη, ο ιστορικός πρόεδρος του Συλλόγου Αναστάσιος Οικονομίδης .
«Το πνεύμα της Ανορθώσεως δεν πτοάται, δεν καταστρέφεται και η ωραία μας Ανόρθωσις ως ο Φοίνιξ, αενάως αναγεννάται. Δια να συνεχίσει την ιστορικήν και μεγάλην πορεία της». Όπερ και εγένετο.
Παρά τις συνεχείς συγκρούσεις Κυπρίων και Άγγλων, το ποδοσφαιρικό τμήμα της Ανόρθωσης συνέχισε να συμμετέχει στο πρωτάθλημα ποδοσφαίρου Κύπρου – το Κύπελλο Κύπρου διεκόπη από το 1955 μέχρι το 1958. Τις χρονιές 1956-57 και 1957-58, η Ανόρθωση κατέκτησε το πρωτάθλημα Κύπρου, έχοντας στην κατοχή της 29 και 27 βαθμούς αντίστοιχα. Τη χρονιά 1958-59 δεν διεξήχθη το πρωτάθλημα Κύπρου, αλλά επανεκκίνησε η διοργάνωση του Κυπέλλου Κύπρου. Στον πρώτο γύρο του Κυπέλλου Κύπρου 1958-59, η Ανόρθωση αντιμετώπισε σε δύο αγώνες τον Πεζοπορικό – ο πρώτος αγώνας έληξε με σκορ 8-0 υπέρ της Ανόρθωσης, ενώ ο δεύτερος με σκορ 2-0 υπέρ του Πεζοπορικού (συνολικό σκορ 8-2 υπέρ της Ανόρθωσης). Στα προημιτελικά, η Ανόρθωση επικράτησε της ΠΑΕΚ με σκορ 0-5, ενώ στον ενδιάμεσο (μεταξύ προημιτελικών και ημιτελικών) γύρο, η Ανόρθωση νίκησε την Ομόνοια Λευκωσίας με σκορ 0-3. Στα ημιτελικά, η Ανόρθωση νίκησε τον ΑΠΟΕΛ με σκορ 3-1, ενώ στον τελικό, η Ανόρθωση νίκησε την ΑΕΛ με σκορ 1-0.
Ο ένοπλος απελευθερωτικός αγώνας της ΕΟΚΑ έληξε με την υπογραφή της συμφωνίας Ζυρίχης-Λονδίνου, η οποία ανακήρυξε την ανεξαρτησία της Κύπρου. Από την ανακήρυξη της ανεξαρτησίας της Κύπρου (1960) μέχρι και την τουρκική εισβολή στην Κύπρο (1974), το ποδοσφαιρικό τμήμα της Ανόρθωσης κατέκτησε τρεις φορές το Κύπελλο Κύπρου (1961-62, 1963-64, 1970-71), τρεις φορές το πρωτάθλημα Κύπρου (1959-60, 1961-62, 1962-63) και δύο φορές το Σούπερ Καπ (1962, 1964). Την περίοδο 1972-73, το τμήμα πετοσφαίρισης ανδρών της Ανόρθωσης κατέκτησε το πρωτάθλημα Κύπρου, καθώς επίσης και το Πανελλήνιο Πανεπαρχιακό πρωτάθλημα (αήττητη) και έλαβε εισιτήριο συμμετοχής στην πρώτη κατηγορία του ελληνικού πρωταθλήματος πετοσφαίρισης 1973-1974 – η Ανόρθωση ήταν η μοναδική κυπριακή ομάδα που έλαβε μέρος στο πανελλήνιο πρωτάθλημα πετοσφαίρισης ανδρών. Στο πρωτάθλημα πετοσφαίρισης Ελλάδος 1973-1974, η Ανόρθωση τερμάτισε στην τελευταία θέση, καθώς απεχώρησε από τη διοργάνωση (πέντε αγωνιστικές πριν το τέλος) εξαιτίας της τουρκικής εισβολής στην Κύπρο.
